En dehors des cinq principales nations, gravitent plusieurs pays militarisés ou non. Bien que ces villages ne soient pas jouables, ils auront un rôle important à jouer dans notre contexte. Les petits pays ont pour la plupart des missions à donner aux grands villages mais peuvent également être des alliés ou ennemis durant une guerre. Dans notre histoire, seul Ame, le pays de la pluie, voit son histoire changer par rapport aux autres. Hanzô a disparu et se sont les enfants d'Ame, élevés par Jiraiya, qui ont prit le pouvoir.

Concernant ce qu'il est possible de jouer en temps qu' « Autres Factions » :

Le pays des Rizières dispose depuis quelques années d'un village Shinobi qui s'est consolidé avec le temps. Le nom du chef d'Oto, le village du Son, est un véritable secret de polichinelle. Le Sannin et déserteur de Konoha, Orochimaru, poursuit ses expériences et usent des Shinobis déserteurs pour créer sa propre armée. Même s'il s'agit d'un ennemi de Konoha, les Daïmyo du Son et du Feu ne souhaitent pas déclarer de guerres, protégeant ainsi le Serpent Blanc.

A Ame, le pays de la pluie,  Hanzô a disparu et se sont les enfants d'Ame, élevés par Jiraiya, qui ont prit le pouvoir. Pays fortement industrialisé, il sort tout juste d'une guère civile et Yahiko en est le chef. Au pouvoir, c'est le groupe nommé Akatsuki qui contrôle tant bien que mal le pays. Instable politiquement et économiquement, le pays souffre encore de la corruption et de la précédente guerre civile. L'Akatsuki est une organisation incluant Nagato ainsi que Konan et d'autres Shinobis ayant aidés à l'accession de Yahiko au pouvoir suite à une guerre civile. Les disciples de Jiraiya ont un fort ressentiment envers les autres villages et notamment Konoha, qui ont laissé Ame à feu et à sang après les grandes guerres. Ils se donnent pour mission la défense des petits pays face aux grandes nations. Le village caché de la Pluie reste malgré tout un endroit où bon nombre de Nukenins se réfugient.

En parlant de Nukenins, ils représentent l'ensemble des déserteurs de leur village. On y retrouve des personnalités fortes comme Deidara, Sasori ou encore Kakuzu et Hidan. Errant au gré des missions secrètes et demandes d'assassinats en tout genre sur le marché noir, ces shinobis sont activement recherchés par les villages pour leur crimes.