Après un siècle de guerres entre les clans Shinobis qui peuplaient notre monde, une nouvelle ère arriva. Las de compter les morts parmi leur plus jeunes membres et las de ne pouvoir profiter d'une paix décente, certains clans se rassemblèrent pour former les premiers villages Ninja. Financés par de riches Daïmyô, les villages furent bâtis au sein d'un grand pays. De cette manière, le village ninja allié à un pays devint le centre militaire du pays, formant sa garnison. Ainsi furent créées les frontières et la nouvelle politique du monde que nous connaissons actuellement.

Cinq grandes nations et villages se démarquèrent des plus petits. Le pays du Feu et le village de Konoha, l'Eau et Kiri, la Terre et Iwa, la Foudre et Kumo et enfin le Vent et Suna. Ils dominèrent dès le départ l'ensemble des autres petites nations sans villages pour les protéger, certains cherchant même à les conquérir par la force. Ces disparités de forces seront à l'origine du premier conflit qui animera le monde Ninja, connu comme la première grande guerre. Une guerre de territoire, cherchant à étendre les frontières des cinq grands pays.

Pionniers dans la création des villages, les clans Uchiha et Senju s'allièrent afin de créer Konoha. D'autres clans comme celui des Sarutobi, Nara, Yamanaka et Akimichi rejoignirent l'alliance nouvellement formée. La vie de ce village fut mouvementée durant ses premières années. Contrairement à l'histoire du manga de Kishimoto, Tobirama Senju ne fut pas le second Hokage. C'est Madara Uchiha qui prit sa place après que Hashirama Senju, le premier Hokage, tomba au combat durant la première guerre. Konoha vécu une longue période de troubles sous les ordres de Madara, si bien que ce dernier fut détrôné quelques années après par ceux qui l'avait justement placé au pouvoir. De cette période noire, Konoha est vu comme un pays instable et qui peut se montrer belliciste dans sa politique, bien que les troisième et quatrième Hokage tentèrent de redorer le blason de la Feuille.

Les lourds dommages et les pertes de la première guerre établirent une nouvelle période conflictuelle à travers le monde, bien des années après. Économiquement très affaiblis, certains grands pays se lancèrent dans une quête d'expansion de leurs frontières par la domination d'autres pays. Les petites nations qui avaient été jusque là épargnées par les guerres et avaient pu se développer devenaient soudainement bien plus intéressants aux yeux des grandes puissances. Cependant, certaines de ces petites nations avaient commencé à se militariser, comme Ame, Taki ou encore Kusa. Ainsi commença la seconde grande guerre Shinobi. C'est durant cette guerre que s'illustreront les trois élèves du Sandaime Hokage : Jiraiya, Tsunade et Orochimaru, recevant le titre de « Sannin », les trois ninjas légendaires. Dévastées par les conflits, les petites nations étaient pour la plupart en ruines. C'est à cette même période que Jiraiya s'occupa des orphelins d'Ame, afin qu'ils soient capables de se défendre par eux-même.

Quelques années plus tard, une troisième guerre fut déclarée, alors que les petits pays malmenés pendant les précédentes guerres commençaient à nouveau à se rebeller. Une véritable guerre d'usure eu lieu et aucun pays ne fut épargné. Le début de la troisième guerre est marqué par la mort du troisième Kazekage. Suna était alors en position de faiblesse. C'était l'occasion pour les nations inférieures de récupérer des territoires et pour les plus fortes, d'imposer leur puissance. Ce fut une guerre sanglante entre Iwa et Konoha. Les deux rivaux de toujours étaient au sommet de leur tensions, car Iwa était proche d'envahir le Pays du Feu et ainsi annexer une grande partie de son territoire. Le Pays de l'Herbe fut le théâtre de cet affrontement. C'est durant cette guerre qu'un Ninja s'illustra tout particulièrement : Minato Namikaze, l'élève de Jiraiya. A la tête de son équipe composée de Kakashi Hatake, Obito Uchiha et Rin Nohara, l’Éclair Jaune détruisit le pont Kannabi, point vital de l'approvisionnement d'Iwa, scellant ainsi la fin de la troisième guerre. Mais une fois de plus, le tribut fut lourd, beaucoup perdirent un ami, un frère, un père. Comme Kakashi et Rin qui perdirent au cours de la bataille, leur ami Obito.

A l'heure de notre contexte, le protagoniste principal du manga, Naruto Uzumaki, a seize ans. Une longue période de paix a précédé la troisième grande guerre, laissant ainsi chacun reconstruire sa vie et l'unité de son village. Une paix qui repose en grande partie sur les épaules de Konoha, dirigé par Minato depuis presque deux décennies. La force du Pays du Feu a été reconnue par tous depuis le dernier conflit mondial, inspirant le respect pour certains et attisant les jalousies et l'envie de revanche d'autres. La paix était-elle trop belle ? Alors qu'un sommet annuel des Kage a eu lieu il y a quelques semaines au Pays du Vent, le Hokage a disparu, laissant Konoha sans personne à sa tête. Sans réponses concernant la disparition de Minato, allons-nous assister à une nouvelle guerre ?